問題是，在熱武器在海戰中的運用逐漸超過了冷兵器，諸國爭奪的航道也開始從內海轉向外海，甚至不再是近海，而是深海之後，加來船就顯露出了最大的兩個劣勢——第一：因為它的動力更多的來自於槳手而不是風帆，從希波戰爭時期傳承下來的三三一列法，底倉舷側各固定著三十塊座板，每塊座板上有三個槳手，三個槳手負責一根船槳，也就是說，除掉水手和士兵，單單槳手就有一百八十人，即便在後期，這些槳手不是苦役犯就是異教徒，船長也要提供足夠的食物才能保證他們有力氣划槳，所以為了保證補給，加來船隻能沿著海岸行駛與作戰；第二：那就是加來船過於低矮的船身，在火槍、火炮從陸地上轉移到艦船上之後，原先的接舷戰法就變成了昨日黃花，就算是海盜也更多地利用火炮摧毀商船的動力系統，而後加以劫掠——海戰中高大的西班牙大帆船，也就是配有重型火炮的蓋倫船在對戰加來船的時候，就像是一個巨人在戲弄幾個侏儒。