在得知大蛇丸叛曉之後，周尊表示老子也不幹了，任務太麻煩，不想出門，我只想靜靜做我的研究型宅男，所以周尊表示自己還是做回反骨仔算了。反正曉組織反骨仔也算是傳統了，前有宇智波鼬，後有蠍放水送人頭，後期更是阿飛和黑白絕這兩個大反骨仔，最讓人無語的是是曉組織名義上的頭領長門竟然在鳴人的嘴炮下，自己背叛組織，復活敵人。
你以為你是黑衣組織酒廠麼？TM連BOSS也當反骨仔，所以，對於曉組織，周尊根本就沒把它當成一個正經的恐怖組織看，更多是覺得是一群中二病搞出來的搞笑組織。
當時鬼鮫和那名宇智波一族的忍者，直接就想解決周尊，可惜這裡可不是曉組織，而周尊也不是獨行俠，根本沒有出手，只是讓輝夜君麻呂和漩渦香磷等人出手，直接擋住了鬼鮫和那名宇智波忍者。鬼鮫的鮫肌完全被輝夜君麻呂的劍術和魔種力量剋制，而漩渦香磷在受到周尊的實驗進行血脈開發之後，血脈返祖，體內的查克拉不僅多出了強大的生命力，而且對封印術的增福更大了。金剛封鎖產生的查克拉鎖鏈不僅僅尾獸，其他忍者的查克拉也能被封印上。
光是這兩人，就讓鬼鮫和那宇智波一族的忍者頭疼萬分，被剋制的非常厲害，使得他們兩個影級的忍者，竟然被兩個上忍給壓制的沒什麼脾氣，不僅如此，周尊實驗室本身就在鐵之國的京都，武士和陰陽師也紛紛趕來。
最後那名宇智波忍者竟然展現了萬花筒寫輪眼，開啟了須佐能乎，藉助須佐構造出查克拉的翅膀，靠著飛行能力才及時逃走。但這也讓周尊發現，那個宇智波忍者並非是宇智波鼬，因為對方的須佐竟然是綠色的，倒是讓周尊想到了一個人，宇智波止水
連忙讓人尋找忍界發生的各種大事，這才發現木葉中出了一個叛徒，正是宇智波止水，在宇智波一族大肆殺戮，將木葉第一豪門的高層和精銳戰力幾乎屠殺了大半，剩下的只有一些老幼病殘和沒能開眼的忍者，真正開眼的宇智波忍者，只留下極為少數的部分弱小忍者還存在。
整個木葉最強忍族，從以前足以與木葉分庭抗禮的族群，硬生生變成了要靠木葉保護的弱小族群。甚至連一般的忍族也不如的地步。而能以一己之力擊潰一個忍族，並且逃過木葉追殺的宇智波止水名號可以說瞬間響徹了整個忍界。
而宇智波一族族長雖然逃脫了一劫，不過也重傷不起，不僅雙目被挖，而且被破壞了全身的經脈神經，能活下來就不錯了，以後根本無法做忍者了。
這個訊息，倒是讓周尊驚訝了，嘗試聯絡了在宇智波鼬和木葉的“偽神格”分體，知曉了這些原來是宇智波鼬的策略，宇智波鼬直接屠殺了近乎大半的宇智波一族，將其中的鷹派和部分偏激的忍者全部殺了乾淨，嫁禍給了宇智波止水，逼迫宇智波止水按照他的計劃叛逃木葉，加入曉組織臥底。
知曉原因之後，周尊不得不想自己是不是給宇智波鼬的私貨太多了，搞得現在怎麼這麼腹黑，連自己亦師亦友的同族也坑的如此不留情。
不過宇智波鼬的計劃，的確取得了巨大的成功，宇智波一族並非全部都是戰爭狂或者權利瘋子，大部分底層的普通族人，甚至大部分沒開眼的族人，其實還是非常滿意這樣的生活。也只有部分在戰場上立功卻因為原因沒得到待遇，或是在戰場上親友死亡走向偏激，亦或是最後部分受到家族教育的精銳，才會想著沒事和木葉對著幹。
這部分人死的差不多，剩下的人根本不想要和木葉搞什麼鬥爭，於是宇智波與木葉的矛盾很多都偃旗息鼓。而木葉也樂見於此，宇智波損失大半的鷹派和精銳，短期內的確削弱了木葉的兵力，可是宇智波一族到底還是沒有滅族，只要一代人培養起來，沒了激進派，宇智波一族將會徹底融入木葉，木葉可謂得大於失。
周尊知曉了木葉發展的這一切，心底卻沒多少開心的意思，計劃出現了一些變故，宇智波鼬之後的舉動，讓周尊覺得他並非是自己最合適的目標，因為宇智波鼬在解決了宇智波一族的問題之後，對那枚“偽神格”卻是選擇封印起來長埋地下。
這讓周尊感覺自己失算了，宇智波鼬可不是二柱子那個中二，而是徹徹底底的早熟忍者，忍者的特質早已融入了宇智波鼬的靈魂。在近距離接觸了周尊的意志，被周尊的心靈量子場干涉之後，並沒有完全失去自己的人格。畢竟周尊的心靈量子場只是被動的散發，宇智波鼬雖然受到影響，行事作風與以往有很大的差別，可是主要的思維沒有受到影響。
從周尊的心靈量子場中得到了相當的知識和思維，也感知到了周尊思想和力量的強大，明白自己絕不能傳播這些思想和力量，否則絕對會讓木葉陷入混亂。
不過，周尊也只是思考了一瞬間，隨後就準備放棄宇智波鼬，畢竟本身就是一部閒棋，既然這顆棋子不準備按照自己的道路走，那就算是廢棋，換上一步就可以了。
相比於宇智波鼬，另外一個擁有“偽神格”的志村團藏，可以說大膽多了，為了探究當初周尊的分身力量，直接以血肉作為給養餵養這枚猩紅的圓珠，讓周尊的細胞不斷增值，形成了新的西比拉分身血樹。周尊也不介意給志村團藏相當的力量，讓魔種和自身的細胞不斷的在根部擴張，要看看志村團藏能做到什麼地步。
以前，在周尊沒有發現這個世界的查克拉干擾之前，對於阿修羅和因陀羅的查克拉，可以說是一種無所謂的態度，能研究自然好，不能研究也無所謂。可是現在因為六道仙人和輝夜姬留下的查克拉阻撓了自己的計劃，讓周尊不得不重點關注阿修羅和因陀羅轉世，
原本劇情中阿修羅和因陀羅的力量合一，再以千手和宇智波一族的基因作為載體，便能獲得六道的力量。但周尊非常疑惑，六道的查克拉是否會引起六道仙人的注意呢？這點非常重要，原著劇情最後，六道仙人靠著宇智波斑半個身體殘留的六道查克拉，顯露人世，而最後，甚至將自己的力量交給了鳴人和宇智波佐助兩人，成功封印了輝夜姬。
這樣就讓周尊感覺到非常棘手，因為周尊現在就是非常想解決六道和輝夜這兩個麻煩的傢伙，一個不知道在背後謀劃什麼，一個則是外星入侵者。這個忍界還真是慘，怎麼看忍者都是被飼養的家畜啊
可兩個人都不是善茬，一個老謀深算，一個則完全是查克拉根源，這樣，不得不讓周尊暫時針對漩渦鳴人和宇智波佐助兩人。
周尊直接控制被宇智波鼬封印的“偽神格”，沒有查克拉完全靠著量子干涉效應的自身細胞，根本不會受到針對查克拉的封印術影響。從封印所在的宇智波族地中衝了出來，直接在燃燒所有的力量，形成一枚前所未有的魔種後，沒入宇智波的族地之中。
在這之後，木葉依然和平，似乎周尊並未有任何的影響，但在不知名的角落中，宇智波鼬卻敏銳的發現自己的弟弟有些不對勁，沒有以往那麼黏人了，反而面色陰沉了很多，無時無刻不是心事重重。
宇智波鼬更發現，自己的弟弟，看向自己的目光非常怪異，仇恨但也帶著一絲憐憫，這讓宇智波鼬不明所以，只能更多的照顧自己的弟弟。但宇智波佐助卻並不領情，反而一反之前陽光的大少爺形象，直接變成了一個冷麵面癱，不斷的追求力量，勤奮修煉，而宇智波佐助，也迅速成為忍者學校中的另一個新興天才。使得原本因為宇智波止水叛逃，而造成的宇智波一族衰弱的名號再次恢復了過來。
對宇智波佐助下手之後，周尊便放下對木葉的關注專心對查克拉的相關情況進行研究，在周尊對查克拉的研發中，靠著從大蛇丸那裡取得的穢土轉生，對其中的靈魂和查克拉進行了深入的研究，但也正是在研究中，發現一個讓周尊非常困惑的問題，查克拉的波粒二象性轉化過程中，並未遵守能量守恆，在轉化過程中，有部分的能量不見了。
查克拉並非是什麼極為玄幻的不科學能量，而是也符合著能量守恆定律，能量的轉化，在理論上是守恆不變，無論是動能、熱能、核能、電能、光能，全都是能量的一種表現，在理論轉化中，絕對會遵守著恆定的定理，而如果有什麼不平衡的地方，那絕對是新的能量損耗和轉化定律發現的開始。放射性物質本質的發現，正是基於這種思維模式出現。
為了解決這個問題，藉助整個鐵之國構建的電磁加速器為基礎，將其改造成了電磁粒子加速碰撞器，將查克拉構成的粒子態成為加速粒子，直接進行粒子加速碰撞，進行基礎的物理粒子研究，希望能發現其中的秘密。
效果依然不怎麼樣，在粒子碰撞中，部分的物質消失了，並非是轉化成任何的波態、輻射態、粒子態、熱能等等形式的能量逸散，而是直接從這個過程中消失不見。這就讓周尊非常奇異，認為這種消失的能量，正是查克拉中最為關鍵的部分，也是徹底解密查克拉能量的關鍵。
為了瞭解這其中查克拉的秘密，周尊用了多種方法，最終才在偶然間，對查克拉進行量子態分析模擬的時候，從中接收到了一些非常詭異的亂碼訊號一樣的東西。
也是無意間對這些亂碼訊號的再構建和解密，才讓查克拉的秘密終於揭示在眼前，在查克拉的轉化和提煉中，不僅僅部分會結合宿主心靈量子場域，在其中部分能量會改變其中的量子資訊，加入特殊的混沌態程式設計的資訊，如同個人的思維和記憶資訊一般銘刻在查克拉中。