等到李傕、郭汜等人率軍西歸，抵達陝縣時，才得知牛輔已經死了，眾人群龍無首，失去了依靠，一時間，不知道如何是好，想要各自散去。
最後，李傕派人前往長安，請求朝廷能夠赦免他們，王允以“一年之內，不可兩次大赦天下，”為由，拒絕了李傕等人的要求。
這下，李傕等人更加恐懼，準備丟下軍隊，各自逃走。
就在此時，同在軍中的賈詡說道：“諸位若單騎逃亡，那麼到時候一個亭長就能將你們逮捕。不如我們率軍攻打長安，宣稱為董公報仇。如果成功，就可以掌控朝廷，如果打不下長安，我們再逃亡也不遲。”
李傕等人不過是一時間沒了方向，現在聽了賈詡的話，全都反應過來，眾人歃血為盟，西進長安。
王允得知李傕進軍長安，居然派了涼州豪強出身的楊定等人去找李傕質問。但是，王允又不給他們好臉色。他憤怒的責備楊定等人，說道：“這群從關東回來的鼠輩，到底想幹什麼！你們去給老夫問個究竟。”
楊定等人前往陝縣見到李傕後，將長安虛實盡數告知，更勸李傕進兵。
王允隨即派徐榮領兵討伐李傕，徐榮手下人馬，也有大量涼州人，他們給李傕、郭祀通風報信，徐榮不敵戰死。
至此，李傕合各路涼州人馬，眾達十餘萬之多，將長安團團包圍。
王允令呂布負責守城。郭汜在城北，呂布領兵開門，直奔郭汜，說道：“且卻兵，但身決勝負！”
於是，郭汜、呂布兩人單挑，不過數合，呂布以矛刺傷郭汜手臂，郭汜的護衛騎兵立即上前，救下郭汜，雙方各自罷兵。
長安是堅城，西涼軍一時無法攻克。圍城第八天，呂布軍中的叟兵叛變，開啟城門，引李傕等人攻入城內。
叟兵者，蜀中兵也。
措不及防之下，呂布不敵涼州軍，長安城中大亂，百官多避兵鋒。太常種拂揮劍而出，說道：“我身為國家大臣，不能止戈除暴，致使逆賊攻打皇宮，我還能往哪去！”
最後，種拂力戰而死。
和他一起戰死的，有太僕魯旭、大鴻臚周奐、城門校尉崔烈、越騎校尉王頎等人。
長安城內，吏民遇難者，多達萬餘人。
呂布敗逃之時，駐馬青瑣門外，招呼王允道：“公可以跟我一起走嗎？”
王允道：“若蒙社稷之靈，上安國家，吾之願也。如其不獲，則奉身以死之。朝廷幼少，恃我而已，臨難苟免，吾不忍也。努力謝關東諸公，勤以國家為念。”
見到王允不肯走，呂布只得自己跑了，他率領了數百騎兵，把董卓的人頭系在馬鞍之上，從武關逃出，直奔荊州南陽郡，投奔袁術去了。
李傕、郭汜等人攻入長安城內，親自前往宣平門，將城樓團團圍住。見到天子的儀仗之後，李傕等人下馬，伏地叩頭，然後質問王允，說道：“董太師到底犯了什麼罪，以至於身死族滅？”
王允無奈，走下樓來，反問李傕等人道：“我不曾作威作福，而將軍你卻如此的放縱大膽，舉兵攻打皇城，你們到底想幹什麼！”
李傕答道：“董太師是忠臣，天日可鑑！卻無故被呂布所殺，我們是為了董太師報仇雪恨，誅殺呂布，不敢做叛逆之事。等董太師的冤仇了結，我們自然會去廷尉那裡領罪。到時候，朝廷有什麼懲罰，我等絕不敢有二話。”
次日，朝廷再一次宣佈大赦天下，這一次大赦天下包括了西涼軍。至於什麼“一年之內，不能兩次大赦天下。”之類的話，早特麼沒人提了！
李傕以胡種為司隸校尉，接替黃琬，與廷尉一起給董卓平反。
第一個倒黴的就是黃琬，首先被定罪，然後滅族。
左馮翊太守宋翼、右扶風太守王宏，都是王允的太原老鄉，王允也真夠“舉賢不避親”的。
李傕擔心先殺了王允會引發他們叛亂，於是以朝廷詔令徵召此二人返回長安。
王宏知道長安不能去，便去了就回來不了。他去找宋翼商量，想要一同起兵反李傕，而宋翼不敢違抗朝廷詔令，拒絕了王宏的提議。二人一返回長安，李傕就將他們押至廷尉受審。
最終，二人和司徒王允一同被定罪、滅族。
李傕將王允及其族人、同黨在長安集市上斬首示眾。
王宏、宋翼也被壓至刑場，王宏臨死之前，大罵宋翼，說他是“豎儒，不足議大事！”不止。
左馮翊的郡功曹遊殷，隨宋翼一同前往長安覆命。他本來和王允並無瓜葛，然而胡種與他有仇，順手把遊殷也給定了個死罪。遊殷死後一個多月，胡種也病死了。關中人都傳說胡種重病之時，見到遊殷的鬼魂前來索命，大叫道：“伏罪，伏罪，遊功曹將鬼來！”
呂布跑了，李傕頒發下通緝令，向全天下通緝呂布。
李傕派樊稠前往郿縣，將董卓的屍體殘骸灰燼蒐集來，放入棺木中將其風光大葬。不料，下葬後不久，天降暴雨，引發洪水將董卓墳塋沖毀，乃至將棺木沖走。李傕素來迷信鬼神，見到老天爺都不讓董卓入土為安，只好為董卓設定靈位供奉。
李傕、郭祀等人，說是給董卓報仇，但也是有選擇的，皇甫嵩殺了董卓全族，但是因為他在涼州的威望太高，李傕、郭祀沒人敢動他。反而以天子的名義，拜皇甫嵩為車騎將軍，以示拉攏之意。
可憐皇甫嵩，打黃巾軍時，出生入死，轉戰了半個天下，才混了半個車騎將軍，現在就這麼隨隨便便的成了整個的車騎將軍。
前將軍趙謙，因為帶著手下的蜀中人馬開啟了城門，官拜三公之一的司徒。
與王允合謀計程車孫瑞，作為右扶風的世家子弟，也因為王允不想讓他出風頭，好獨佔刺董之功，因此他刺董後未獲得封賞，李傕也對其不予追究。
七月，又以太尉馬日磾任太傅，輔佐天子。這也是東漢一朝的傳統，每一位新天子繼位，都要封一位太傅。而且，馬日磾的江湖地位極高，也值得拉攏。
八月，朝廷派太傅馬日磾和太僕趙岐，持節出使關東，安撫諸將。隨後，又以車騎將軍皇甫嵩任太尉，司徒趙謙因病免職，後來又出任尚書令，很快病死。
九月，李傕任車騎將軍，郭汜任後將軍，樊稠任右將軍，張濟任徵東將軍。
自此，李傕等人的董卓故將，進入朝廷高層，掌控朝政，長安落入了李傕之手，朝廷進入了李傕的時代。因為後來李傕、郭祀反目，故而又稱為李郭！