自海軍改制，仿效後世天朝和各國的方案，朱瞻基將目前的海軍分為了三大軍區。
劃分大軍區是為了有效利用現有資源，在區域內實現有效的管理和供給。
北方軍區被分成了兩處，一處是遼東半島，一處是北方與庫頁島相連的黑龍江出海口。
雖然兩地之間被朝鮮阻隔，但是大陸並沒有隔斷，為了大力發展北方，所以要把遼東建設成為北方的供應基地。
東海軍區則是從山東南部一直到福建一帶，這裡目前是大明最富裕，物產最豐富的區域。
為了肅清海防，東海軍區派出了大量的船隻，對東海海島進行了清理。將原本從張士誠時期就以各海島為據點的海盜窩清掃一空，那些海盜或者剿滅，或者遷移到瀛洲島，也就是後世的臺灣。
而南海軍區的範圍就要大的多了，從廣東到海南島，到交趾，一直到蘇門答臘島的舊港宣慰司，全部都歸南海軍區管理。
但是為了統一海軍的編制和傳令系統，海軍的作戰方式，艦隊編組等等，還是實行垂直管理軍制。
軍區負責訓練，後勤，補給，但是艦隊的作戰，統一歸屬司令部。
比如如今的三大軍區各有一支專門的戰鬥部隊，分別是第二艦隊到第四艦隊，這三隻艦隊沒有主官，只有兩位副都督負責平時的訓練以及後勤協調。
作戰之時會由司令部與兵部共同任命領軍的總兵官，領導作戰。
而第一艦隊是原本的新江口水師改編而來，駐紮京城。雖然第一艦隊沒有海域，平日訓練還需要出了長江口才能訓練，但卻是四支作戰艦隊中規模最大的一支。
第一艦隊直屬司令部，除了訓練作戰，朝廷的外交使團，禮儀船隊，包括長江和黃河水域的剿匪，運輸，都歸第一艦隊管轄。
像鄭和率領的西洋艦隊，候顯率領的第二艦隊，還有現在王景弘任首領的第三艦隊，都歸第一艦隊管轄。
因為朱瞻基親任第一艦隊大都督，第一艦隊也同時對其他幾支艦隊有指揮權。
隨著朱瞻基的一道道命令被傳達了下去，整個海軍系統第一次整體運轉了起來。
但是由於海軍的作戰具有一定的封閉性，所以大明境內的百姓，根本不知道海軍即將來一次大規模的軍事行動。
朱瞻基要親征，那麼京城就只能由劉江坐鎮，為了以防萬一，朱棣親自下令，調集了目前在京師的中級以上水師將領，讓他們輔佐朱瞻基的這次出征。
而擔任朱瞻基副手的，就是目前剛休養好的鄭和。
而他們的麾下，也是名將林立。唐敬，王衡，林子宣，胡俊，哈同等一眾從朱元璋時期就嶄露頭角的著名水師將領，或者是永樂朝在西洋有過實戰經驗的海軍將領，全部被召集起來，分配到各個艦隊擔任總兵官。
所以，如何排兵佈陣，如何後勤補給，這些根本不用朱瞻基操心。
這個時代的大明國力強盛，沒有營造新北平，長城的修建也已經停止，加上鄭和艦隊四次下西洋，都沒有虧錢，反而略有盈利。
所以給這三隻艦隊提供後勤供應，甚至不需要驚動地方，只是把候顯準備出使榜葛刺的糧草裝上船就可以了。
海軍的出征耗費在這個時代是低於陸軍的，因為節省了戰馬的耗費，也不用民夫運送輜重。
只要供應了士兵的口糧，海軍的續航能力還要超過後世的海軍，因為船隻不用耗油啊！