1336年，為江西高安縣丞，為官清廉正直，以打擊權貴而名重一時。卻始終免不了因“南人”的地位在官場上處處受到排擠和打擊。二十九歲時，劉基複審一起人命冤獄，盡改原判，因此得罪了檢察官，調為職官掾史。第二年，又因與幕府官僚發生意見分歧而被迫辭職，不久補升江浙儒學副提舉，行省考試官，又幾次三番上書彈劾御史失職數事，被御史大臣重重阻撓，劉基激憤之下再次辭職。
1348年十一月，方國珍首先在浙江台州起兵，腐敗無能的元朝統治者，為了將農民起義鎮壓下去，被迫起用劉基為江浙行省元帥府都事。劉基一旦得到重用，也一心為元朝效力，他建議築慶元等城，以壓逼起義軍；並且極力反對招撫，倡言：“方氏兄弟首亂，不誅無以懲後！”方國珍因此而大懼，厚賂劉基，“卻之”。劉基不肯收取他的賄賂。方國珍收買他不成，便派人由海路到大都，以重金賄賂朝中重臣，使朝廷下詔招撫。元廷因此給劉基扣上了“失天子憫念元元之至意”的罪名，撤了他的職務，將他看押在紹興府。劉基氣憤之極，好幾次想自殺，幸虧門人密理沙等拼命攔阻，才得以不死。