尼奧接到諾基亞手機，一個電話打過來，正是他一直尋找的墨菲斯。
墨菲斯指示他逃跑，因為史密斯特工正在追捕他。尼奧跑到大樓外，因為太高，沒敢過去，最終被史密斯特工抓獲。
這場戲有意思的點，就是小吉伯特的父親再次客串了電影。
不過老頭子去島國享受假期了，並沒有參加《駭客帝國》的首映禮。按照他的話來說，儘量削減自己的存在感，免得給小吉伯特造成不必要的麻煩。
至今小吉伯特都沒搞明白，所謂的麻煩到底是什麼。
他只好猜測，是因為老頭子以前當製片人的時候，得罪了什麼不該得罪的人，而且這個人還是好萊塢猶太俱樂部的大人物。
否則以魷魚們在好萊塢的勢力，老頭子好歹也是知名製片人，不可能在好萊塢混不下去。
當然了，事情過去這麼多年了，現在小吉伯特又成了好萊塢猶太俱樂部最看重的猶太裔年輕導演，大人物不一定還計較這件事。
影片繼續，在審訊室這場戲裡，影迷看見尼奧的嘴從可以開口說話到被封上，這小小的一幕立馬把觀眾震撼得不輕。
那邊鮑爾還在猜測：“什麼意思？這個史密斯特工有魔法？”
最近《哈利波特》很流行，魔法也很流行。
一旁的影迷猜測道：“或許這不是現實世界，所以能做到一些現實世界做不到的事情。”
結合預告片，鮑爾認為這個影迷說得很有道理。
接著更詭異的一幕出現了，尼奧被按在審訊桌子上，史密斯特工拿出一隻電子蟲子，蟲子順著尼奧的肚臍眼就鑽了進去。
這一幕看得有些觀眾感同身受，忍不住捂著自己的肚臍眼，感覺有些疼，但這只不過心理作用而已。
接著畫面一轉，尼奧從床上醒過來，原來這一切都是夢？並不是，事情沒那麼簡單。
這當然不是一場夢，崔蒂尼再次找到尼奧，並且從尼奧身上弄出了那隻蟲子，證明了尼奧並沒有在做夢，是史密斯特工做的手腳。
在場的影迷開始雲裡霧裡的，已經對影片裡所展現的世界產生了一絲懷疑。
當初預告片播放的時候，大家都被炫酷的動作場面給吸引了，除了少數人，誰都不曾注意到影片那些如同謎語人一般的臺詞。
到底什麼是真實？你所認知的世界就是真實的嗎？
鮑爾拿起自己手中的可樂，懷疑蔓延到這個世界，該不會自己也活在一個虛假的世界吧！
不只是鮑爾在思考，許多觀眾，包括觀影的明星嘉賓導演們也在思考。
小吉伯特很清楚一點，影片有懸念是好事，保持這種懸念感能讓觀眾更加沉浸式的觀影。
但如果影片只是為了故弄玄虛，那這種懸念感就毫無意義。
所以除了精彩的打鬥戲份，還有特效場面之外，影片必須給這種懸念感給出答案，而答案就在墨菲斯身上。
尼奧很快就被帶著去見了墨菲斯，這是一個神棍，他向尼奧，也向觀眾揭露了世界的本質。
這裡不是現實世界，尼奧是在一座監獄，一個牢籠。
觀眾還在琢磨著，這座監獄和牢籠到底是什麼，是誰在關押尼奧，看樣子整個人類世界都被關在了一座牢籠裡。
這時候墨菲斯給了尼奧兩個選擇，一個藍色藥丸，回到以前的生活中去。一個紅色藥丸，清醒過來，到真實的世界去看一看。
尼奧當然選擇紅色藥丸，否則故事沒法進行下去了。
別說尼奧了，影迷們已經迫不及待，想要去真實的世界去看看。詹姆斯·卡梅隆期待著，湯姆·克魯斯好奇著。