等到朱元璋任命胡惟庸為丞相的時候，皇權和相權的矛盾到了無法調和的地步，胡惟庸獨攬超綱，動輒就對下屬官吏明升暗降，甚至痛下殺手。
“內外諸司上封事，必先取閱，害己者，輒匿不以聞”。胡惟庸所作所為已經讓朱元璋給痛恨上了，這是威脅其君權呀。
在洪武十三年朱元璋終於動手了，以擅權枉法的罪名將胡惟庸給處死，並且廢除了宰相制度，並且廢除了中書省。“
罷丞相不設，析中書省政歸六部，以尚書任天下事，侍郎貳之”罷免了宰相制度以後，政務還是要處理的，之前中書省的職責歸了六部，最終將權力集中在他的手裡。
可是沒有了中書省和丞相，所有的政務最後都要皇帝決斷，這樣皇帝的工作量就增加了，於是朱元璋想到了用其他制度代替中書省和丞相，這樣殿閣大學生就應運而生了。
洪武十五年朱元璋仿照宋朝制度，設定殿閣大學士，輔佐皇帝處理政務，以顧問的身份參與政治活動。但是顧問沒有什麼決策權，只是給皇帝提供諮詢而已。
“殿閣大學士只備顧問。帝方自操威柄，學士鮮所參決”當時的大學士沒有什麼實際的權力，可是這給明朝內閣制度埋下的種子，這是內閣制度形成的萌芽時期。
朱元璋死後，他的孫子朱允炆即位，殿閣大學生這一制度沒有被他繼承，他開設立了內閣大學生，內閣大學士的地位更高，而且有明確的品級規定。
建文帝時期黃子澄方孝孺都以學士的身份入文淵閣參與國政。到了朱棣即位，日理萬機，為此他組建了正式的私人團隊，來幫助皇帝處理事務。
“成祖簡翰林官直文淵閣，參預機務，有歷升至大學士者。其時章疏直達御前，多出宸斷。儒臣入直，備顧問而已。”
接著“成祖特簡解縉胡廣楊榮等值文淵閣，參預機務。內閣之預機務自此始。”從此內閣學是入值文淵閣，參預機務，這被稱之為內閣制度的成立時期。
但是要清楚的知道此時的內閣只有議政權和執行權，卻沒有決策權，決策大權牢牢掌握在皇帝的中，一切事務都必須聽命於皇帝，從這一點上來說內閣只是為皇帝服務的私人機構，並沒有實際權力。
明仁宗即位之後，內閣的地位迅速增長，內閣還有閣臣得到了他的重用，使得內閣大臣的職位開始尊崇，甚至閣臣開始兼領其他職務，日益掌握實權，甚至出現了內閣閣臣侵權六部的事情發生。
像後來赫赫有名的三楊，他們以閣臣輔佐東宮，最後加銜六部尚書，地位越來越尊崇，特別是正統時期楊士其，身兼尚書。三孤和大學士於一身，地位在六部尚書之上，內閣的地位得到了強有力的強化。
到了天順時期李賢身兼吏部尚書和內閣大學士，在上朝的時候他的班列在其他尚書之上，他獨攬大權成為皇帝身邊的重臣。
“至仁宗而後，諸大學士歷晉尚書保傅，品位尊崇，地居近密，而綸言批答，裁決機宜，悉由票擬，閣權之重偃然漢唐宰輔，特不居丞相名耳。”
此時的內閣和閣臣儼然已經成為當初的中書省，內閣閣臣基本上和當初的丞相差不多了，內閣閣臣的地位提高，帶來是內閣地位的抬高。“六部承旨意，靡所不領，閣臣日重”六部也已經預設內閣是他們的上司機構了，他們成了內閣的執行機構了。等到到了嘉靖時期，六部已經完全淪為內閣的下屬部門，六部辦事唯內閣是從，從此內閣在嘉靖時期成為明朝最高的政府機關，內閣在形式和地位上達到了頂峰。
經過嘉靖和隆慶時期的發展，特別是張居正為內閣首輔主持改革，讓內閣在萬曆之處的權力達到了巔峰，內閣成為政府運轉的中樞，張居正這一位內閣首輔幾乎就是現代的首相了
張居正死後，萬曆皇帝因為國本經常不上朝，而且無視內閣和閣臣，在一定程度上讓內務機關幾乎癱瘓，知道明朝明滅，內閣開始衰落，到了清朝雖然沿襲明朝時期的內閣制度，但是內閣已經沒有了任何實權，內閣就此沒落。
可是當時內閣在神域是新鮮的東西，而且曾經一度讓神域掌握在內閣手裡。
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