整個江戶城的內城區域，可以分為三個部分，最核心的當然是規模極大、功能極多的本丸，由二之丸、三之丸守備著，除了建築更加繁複和宏偉外，格局和一般的居城類似；本丸的西面，是西丸和紅葉山御庭，御庭供將軍一家日常遊幸，西丸則是將軍嗣子元服後的居所，總面積比本丸區還要大上近一倍，另外還有一塊外苑和馬場，在西丸的東南方二重橋外，向東北一直延伸到大手mén，是安置城內軍勢的地方，將軍集結城內軍勢、或者出行時整理佇列也都在這裡；然後就是北丸，原本是太田道灌駐江戶城時祭祀關東守護神的築土神社（祭祀田安明神），現在是江戶奉行的奉行所，由擔任江戶町一奉行的重臣進駐，下轄南、北、中三奉行，透過田安mén和外界相通。