一個是灰原哀，另一個就是柯南了。
灰原哀不必多說，主要是擔心灰原哀與成實醫生相處不好，畢竟灰原哀是個挺有性格的天才少女，一般人d不住。
另一個柯南則是黑色PTSD患者，看見穿黑衣服的就衝動，碰到組織的線索就不顧一切要追查下去。
在美國修bug的時候，阿笠博士就在電話聯絡中，從柯南口中聽說了一件事。
有人竊取了警政廳的桉件資料，內容主要涉及毛利小五郎與秦智博辦過的桉件。
雖然資料很快就還回去了，但毫無疑問是有什麼人在秘密調查毛利小五郎和秦智博。
柯南在電話裡面，懷疑這件事可能是黑色組織做的。
毛利小五郎不用多說，是直接收容一個變小者的偵探。
秦智博則是當初撿到灰原哀的人，加上也是經常活躍在這個圈子裡的偵探，被調查也很正常。
不僅如此，在阿笠博士不在的這段時間，灰原哀也是三番五次地感受到身邊有組織成員的存在。
這樣一來，貌似變小者的生存情況已經非常危急，黑色組織的爪牙已經鎖定了米花町內。
在阿笠博士想繼續追問柯南的想法和接下來怎麼辦時，柯南又搪塞了過去，說讓阿笠博士在美國安心修bug，別辜負工藤老爹的推薦。
這讓阿笠博士怎麼能安心？
於是阿笠博士在bug修完的第一時間就趕回日本，順便把服部平次叫過來，一起商量對策。
服部平次身為少數知曉柯南身份的人，對黑色組織的事情也是瞭解的，並且明知有生命危險的情況下，也會力挺好兄弟。
有了服部平次的助力，相信柯南也會放下一個人抗下所有的想法。
阿笠博士的內心是這樣計劃的，但沒想到秦智博突然要過來，自己還找不到什麼拒絕的理由。
可秦智博為什麼突然要找自己啊？
......
智博偵探事務所，三樓。
推開畫著萬物歸一者魔法陣的房間門，秦智博走到房間角落，拿起一個箱子。
箱子的內襯材質為鉛，是秦智博花了一萬多日元，在中古市場淘來的。
這東西的設計之初，是存放那些珍貴的鈾玻璃。
不過秦智博買來，是想存放從MiGo採礦區裡帶出來的那顆礦石。
之前在吹渡山莊的附近執行滅殺MiGo的任務時，秦智博從礦區裡帶出來一塊礦石。
這塊礦石無論是大小，還是MiGo一直帶在身上，都讓秦智博懷疑這就是MiGo一族在地球上想要挖掘的礦石。
所以秦智博利用【瓶中恐懼】的特性，把礦石帶了回來，想讓集眾多柯學技能於一身的阿笠博士來研究一下。
不過在等阿笠博士回來的時候，秦智博自己也簡單研究了一下礦石。
雖然是研究，其實就是拿蓋革計數器，檢測了一下輻射。
輻射是有的，雖然屬於微量輻射，但如果直接存放在空氣中，長期的話也是對身體不好的。….
為此，秦智博淘來了這個防輻射箱子。
這次去找阿笠博士，也是想把礦石交給阿笠博士，讓其幫忙研究一下。