吳有性等人遵從朱由檢的囑咐，在整個解剖過程中，從不同年齡段和性別的遺體中，選取標本後繪製了不同剖面的人體結構圖，以供將來講授時使用，這個舉動也是具有劃時代意義的。
發生在南京的這次大規模肅清事件，是自太祖太宗之後兩百年來大明僅見的重大事件，其影響之深遠和廣泛，遠超朱由檢最初的設想。
肅清行動結束之後，正值衙門開衙之時，諸多衙門中的官吏們抱著倖存者的心態，戰戰兢兢地點卯應值，生怕一不小心被上官尋著錯漏後當眾立威。
因為崇禎十二年開始的第一天，很多署衙中就缺失了不少眾人熟悉的面孔。
同在本地的官吏們都清楚，那些人已經從這個世界上徹底消失了。
大家心裡都明白，這些人都是平時仗著有當地的大靠山撐腰，對大老爺的指令陽奉陰違之人，這次卻被看上去軟弱可欺的大老爺藉機連根拔起了。
血淋淋的現實擺在眾人面前，以後如何應差，一些原先自視甚高之人心裡都有數了。
緊密團結在大老爺周圍，這是唯一的出路。
本著趁熱打鐵的原則，在一眾署衙上值當日，盧象升以欽差的身份釋出命令：即日起，江蘇行省清丈田畝工作全面鋪開，各地官府務必與兩個月之內清丈完畢，士紳一體納糧自今年夏收正式開啟。
事情的進展並沒有出人意料，各地官府在經過幾天的準備工作後，立即對下轄官紳以及士紳大戶的田地開始進行清丈。
官差所到之處，這些原先從不把朝廷和官府放在眼中的大老爺們，無不是乖乖地將府中田契盡數奉上，並且安排府中管事僕從頭前帶路，生怕慢上一步後被隨同監視的錦衣衛給扣上什麼罪名。
在兔死狐悲的同時，江南計程車紳們終於徹底害怕了。
在刀槍面前，從前的種種手段都顯得蒼白無力。大明的天變了，如果再不識時務，怕是眼前的榮華富貴眨眼間煙消雲散。
南京事件讓孫傳庭主持的浙江新政也開展的異常順利。
身處南京的東林黨核心骨幹被全部摧毀，這讓以士紳大戶為主體的杭嘉湖一帶瞬間失聲。
沒有人敢出面為南京官紳們喊冤，也沒有讀書人上街抗議，浙江的新政便在這種沉悶而詭異的氣氛中正式鋪開了，過程與南京一般無二。
士紳一體納糧新政的順利開展被孫、盧遣人飛報京師。
此舉意味著，處於半自立狀態近兩百年的江南地區，自崇禎十二年起，完全歸屬於大明朝廷治下。
在議定了新政執行中可能產生的問題，以及如何預防懲治的策略之後，朱由檢宣佈，會商結束後，內閣要考慮全面禁止土地兼併的行為，在制訂出相關檔案後呈報宮中。
在閣臣們滿腦子疑慮之情的情形下，會商轉向了第二個話題：減稅及四海商行股份變更問題。
閣臣們對皇帝突然提出的這兩個問題都感到疑惑不解。
新政的實施不就是為了加稅嗎？為何那邊還未開始徵收，你這邊又打算減稅呢？這不是自己拆自己的臺嗎？
“朕所言之減稅，並非減收田畝稅賦，所減之稅為實業之稅，其實也等於是有條件的減少商稅。”