禮部：禮部、祠部、主客、膳部、宣傳
禮部司，掌禮樂、學校、衣冠、符印、表疏、圖書、冊命、祥瑞、鋪設，及百官、宮人喪葬贈賻之數。
祠部司，掌祠祀、享祭、天文、漏刻、國忌、廟諱、卜筮、醫藥、僧尼之事。膳部司，掌陵廟之牲豆酒膳。
主客郎司，掌諸蕃朝謹之事。
宣傳司，掌朝廷報社，宣稱諸事等。
兵部：兵部、職方、駕部、庫部
兵部司，兵部郎中一人判帳及武官階品、衛府眾寡、校考、給告身諸事；一人判簿籍及軍戎調遣之名數。員外郎一人掌貢舉、雜請，一人判南曹，歲選解狀。
職方司，掌地圖、城隍、鎮戎，烽候、防人道路之遠近及四夷歸化之事。凡蕃客至，鴻臚寺先詢問其國山川、風土，然後製成地圖上奏，並送副圖於職方司，殊俗入朝，則圖其容狀及衣服樣式通達於上；
駕部司，掌輿輦、車乘、傳驛、廄牧馬牛雜畜之籍。
庫部司，掌兵器、鹵簿儀仗。
刑部：刑部、都官、比部、司門
刑部司，掌律法，按覆大理寺及天下上奏諸案件。
都官司，管理俘虜，奴隸的簿錄，給以衣糧醫藥，並審理其訴訟事件。
比部司，負責通會內外賦斂、經費、俸祿、勳賜缺乏物資，以及軍用物資、器械等事。
司門郎中、員外郎，管理門禁關卡出入登記，以及各地上繳失物的處理。
工部：工部、屯田、虞部、水部、鑄造
工部司，掌城池之工役程式，為尚書、侍郎之助手。
屯田司，掌天下屯田及在京文武官員之職田、諸司官署公田的配給。
虞部司，掌苑囿、山澤草木以及百官蕃客菜蔬薪炭的供給和畋獵之事。
水部司，管理河流過渡、船艫、溝渠橋樑、堤堰、溝洫的修繕溝通，以及漁捕、漕運諸事。
鑄造司，掌鑄造兵器、研製新式武器機構等。
其中一些部門葉桓沒有按照這個古代的行政制度習慣來設立，像是戶部裡面應該有一個戶部司的，被他改成了民政局，還有就是戶部裡面新設立了一箇中央銀行，加強對貨幣的管理。
除了內閣六部外，大漢王國中樞還有五監九寺，五監包括由原來的遼州書院變國子監、少府監、匠作監、軍器監和都水監，九寺有太常寺、光祿寺、衛尉寺、宗正寺、太僕寺、大理寺、司農寺、太府寺和鴻臚寺組成。
葉桓把監督司取消，改為都察院，設六科給事中，成立六部的獨立監察機構。地方先設四道巡按御史和各州提刑按察司，同時設督撫，形成地方三重臨察網路。
還有比較獨立的部門，像是直接受葉桓這個大王管理的軍情司和青衣衛這兩個情報組織，他們的職能不變，不過在行政等級上低六部一級，當然，六部一品尚書也不能插手這兩個特殊部門。
內務部，管理已經把大秦改名為大漢的商會，還有王府的一切產業，相當於是葉桓這個大王的私人財產，或者說是王室的獨立財產，管轄王府的一切開支和採購。
其實一開始葉桓不想設立這麼多的部門，畢竟他現在只是佔領北方三州之地加上一塊麵積還可以的草原之地，人口三千多萬，不過他最後想一想還是按照帝國的標準來建立行政制度，至於一些機構部門可以精簡一下人員就可以，不至於造成機構和人員的臃腫。