開源十年（1632年）十一月，病榻上躺了一年有餘的後花山天皇再次病危，太政大臣今出川經季與關白豐臣秀賴前往御所請速立東宮。
因獨子夭折，兄弟皆病逝或出家，眾公卿皆勸說立秀保為皇太弟，天皇卻沉默以對。
秀保知其心中所憚，便借探病之機“寬慰”道：“貞子如今已是王妃，也是陛下唯一子嗣，請相信滿仁會照顧妥帖的。”
隨後便暗示今出川經季奏請先將滿仁過繼後花山天皇，再立為東宮，這樣，將來的天皇仍會是“正親町—誠仁親王—後花山”一脈。
也許是顧及貞子的安危，或是忌憚秀保的威勢，又或是為皇室的長遠考慮，思忖多日後，後花山天皇最終應允，並同意於十二月初九舉行大典，正式冊封滿仁為東宮，並遷入京都御所居住。
直到這時，那些矇在鼓裡的大名才恍然大悟，明白秀保為何要為嫡子取名“滿仁”，原來是為了走當年足利義滿沒有走完的路。
後花山天皇終究沒撐過那個嚴冬。
開源十一年（1633年）正月初六，秀保專門從明國請來煙火師，在京都舉辦了盛大的花火大會，可惜後花山已經沒有力氣出席了，在京極常子的攙扶下，臥病中的他半支起身子，看著窗外璀璨綻放的煙花，虛弱地說道：“你說朕這麼做，是對是錯呢？”
京極常子此刻已是淚眼婆娑，但仍強忍著悲傷勸慰道：“陛下做的自然是對的，貞子如今也是太子妃，若宮（滿仁與貞子之子）也茁壯的很，今後您的血脈將傳承下去，這…也是這個情況下最好的辦法了吧…請您不要操心這些，好生休養，等過陣子，他們夫妻倆還會帶若宮來看我們呢。”
“這些日子讓你操心了，老是變著方法地安慰我。也罷，”後花山嘆了口氣道：“前有外戚專權，後有武士無視天皇權威四百餘年，多虧了伏見宮，朕應該算是過得挺如意的一位天皇了吧，說實話，朕能踐祚，還多虧了他，只希望他能不忘當初的承諾，別讓朕後悔。”
後花山雙眼無神，痴痴地望著窗外的煙火，自言自語道：“也許，從朕成為太閣猶子那時起，命運便把朕和豐臣氏連在一起了，若宮的誕生，既是一個終結，也是一個開始吧，朕會在天上保佑他的。即便朕不在了，你也要堅強活下去，為了貞子，也為了朕。”
後花山天皇想伸手為京極常子擦拭眼淚，卻已無力氣。在緊緊攥住京極常子的手，艱難地晃動了兩下後，便癱倒在了她的懷中。就此，這位經歷了戰國後期、安土桃山時代，見證了郡山幕府開創和伏見宮皇籍復歸等大事的傳奇天皇駕崩了，在位十六年，享年五十四歲。隨後被追號後花山院，葬於月輪陵。
不同於之前的天皇，新天皇還聽從秀保的意見，為其上漢風諡號“光華”，這是自光孝天皇（887）之後，正常駕崩的天皇中加漢風諡號的第一位，也是時隔四百年後再次出現漢風諡號的天皇。
同月，滿仁於京都御所踐祚，因駕崩後上諡號“孝明”，故後世多稱其為“孝明天皇”。即位當日便尊秀保為上皇，因秀保此時已於北山，即原足利義滿北山殿改造的鹿苑寺（別稱金閣寺）附近修建新御所東明殿，故上院號“東明院”，所頒命令皆稱院旨。
同時，立若宮佑仁親王為東宮，定明年改年號“皇統”。
為鞏固皇權，朝廷在東明院的主導下進行了一系列的改革，史稱“皇統革新”。
首先便是從制度上重新確定天皇和朝廷的權威，令以心崇傳與藤堂高虎在幕府《武家諸法度》及《禁中並公家諸法度》等制度基礎上，制定頒佈《改新之詔》和《政體書》，主要規定：
1.天下權力，總歸天皇；
2.幕府權力和職能全部轉移至朝廷，各藩對幕府的責任和效忠也隨之轉移；
3.普天之下莫非王土，率土之濱莫非王臣，廢除“士、農、工、商”制度，將皇室親緣關係者列為“皇族”，公卿和大名列為“華族”，原幕府和大名家臣、武士列為“士族”，其他從事農、工、商的和底層賤民列為“平民”，位有尊卑，但各等級間允許相互交往；
4.規定太政大臣、關白、徵夷大將軍位列華族之上、皇族之下，但為虛銜且不常設，其中攝關家和清華家可擔任太政大臣和關白，東宮兼任徵夷大將軍，下設三護國將軍，分別由賢仁、清仁、興仁親王一脈擔任，負責維護各方治安，所需兵權經天皇同意後，由徵夷大將軍授予；
5.爵位、官職改革：
爵位方面：