而後，他直接殺到深宮中，找到正在與大臣們議事的梁高祖，將他們全都“請”到了海池上划船。
而後，侯君集就帶人守在這裡，一直等到尉遲敬德殺死太子和齊王之後過來。
史料上記載，尉遲敬德渾身浴血、披甲持矛見到梁高祖的時候，“高祖大驚”，還問：“今日作亂的人是誰，愛卿到此來做什麼？”
尉遲敬德回答說：“太子和齊王引兵作亂，秦王和臣起兵誅殺了他們。秦王擔心驚動陛下，故而派臣擔任警衛。”
但此時的情況，梁高祖“大驚”是不合理的，因為他之前應該就已經驚過了。
於是梁高祖就問身邊人，應該怎麼辦。
此時跟著梁高祖一起泛舟的大臣不少，其中宇文士及、顏師古是秦王黨，封倫、竇誕、封德彝屬於兩面派，在秦王和太子之間兩頭下注，蕭瑀、陳叔達慣常為秦王說話開脫。
此時在場的眾人之中，真正跟秦王不對付並且絕對忠誠於梁高祖的，就只有裴寂。
而在梁高祖問出這個問題的時候，裴寂的臉色比他更蒼白。
因為當年晉陽起兵的時候，裴寂、劉文靜、秦王和梁高祖是起兵的四元謀，梁高祖稱帝之後，裴寂和劉文靜都是宰相。
只不過裴寂堅定支援梁高祖，而劉文靜堅定支援秦王。
然而，裴寂和梁高祖悍然殺了劉文靜，這件事情，是足以被秦王記恨一輩子的。
此時梁高祖如果不同意交權的話，只有一半的可能會死，而裴寂是百分百要死的。
在強烈的求生欲驅使下，裴寂自然也只能附和。
於是，蕭瑀、陳叔達提議梁高祖交權，封倫和竇誕表示本來就應該如此，宇文士及表示陛下早就該將秦王立為太子，而顏師古表示臣連墨都已經磨好了。
在場的所有人一致同意，請梁高祖把大權交給秦王。
而梁高祖也只好訕訕地說道，這個提議很好，朕其實早就想把大權交給秦王了。
很顯然，梁高祖此時多半也在想，如果自己不同意的話，來的可能就不是秦王，而是一杯酒或是一根繩了。
於是，整個玄武門之變就這樣結束了。
後續的插曲，是秦王來見到梁高祖抱頭痛哭，緊接著梁高祖一日內連下兩道詔書，分別是《立秦王為太子詔》和《神堯命皇太子決斷庶政詔》，將軍國大事一併交給秦王。
之後秦王做了三件事情。
第一件事是封賞功臣，除了少量梁高祖的舊臣象徵性地拔高位置架空實權之外，用秦王府的一干文臣武將替換了整個朝堂，於是貞觀之治的朝堂格局初步形成。
第二件事是斬草除根，將太子和齊王的後代全部殺死。
第三件事是安撫天下，對魏徵禮遇有加之後，讓他去各地招降太子的殘餘勢力，在很短的時間內讓國家恢復安定。
封賞功臣和安撫天下當然都是毫無疑問的，但斬草除根，將自己的十個侄子全都殺死，卻顯得過於殘暴，也在後世留下了不小的罵名。
但代入秦王的視角想一想，這麼做是十分必要的。
這不僅僅是為了秦王自己考慮，而是為了跟他一起發動玄武門之變的這些功臣考慮。
現在的秦王如日中天，但誰敢保證之後呢？
等梁太宗駕崩之後，如果有一些人想要趁機搞事情，那麼太子和齊王的這些後人，就是最佳的工具人。
更何況不殺這些人，太子和齊王的許多舊部也不會死心，很難拉攏，終究是個巨大的隱患。
而最重要的問題是，尉遲敬德、侯君集等玄武門功臣集團，需要秦王去殺這些人。
未來秦王的子孫仍舊會是皇帝，所以即便出點事情可能也坑不到他們頭上。但一朝天子一朝臣，尉遲敬德、侯君集等人在本朝位高權重，但他們的子孫不見得能守住這份家業。
到時候一旦勢力衰落，而太子、齊王的後代想要報復，很有可能透過一些陰謀詭計，將他們的後代全都幹掉。
畢竟太子和齊王的後代再怎麼樣也是皇室宗親，想找個辦法殺尉遲敬德、程知節等人的後代易如反掌。
所以，秦王自己揹負這些罵名，既是為了自己考慮，更是為了手下人考慮。
這不是秦王唯一一次給手下人背鍋。
比如，史料中記載，秦王射落了太子，但在他和齊王纏鬥的時候，尉遲敬德才拍馬趕到，那麼之前尉遲敬德去幹什麼了？很有可能是去補刀太子了。
整個玄武門之變中，秦王手下的功臣們確實給秦王出了死力，而後世說起玄武門之變，所有的鍋都是秦王自己果斷地背了，沒有功臣因為玄武門之變而受到牽連或是留下“蠱惑秦王”的罵名。
或許就像是秦王當年在戰場上，親自為將士們殿後一樣。
有這樣願意把所有罵名自己扛了、能擔事、不甩鍋的領導，也難怪所有的功臣集團對秦王有著無可動搖的忠誠。