李孝恭贊同李靖的意見，李靖於是率黃君漢等將先攻打馮惠亮，苦戰將其擊破，叛軍被殺傷和溺死者萬餘人，馮惠亮敗走。李靖率輕兵先至丹陽，輔公祏大懼，派遣將領左遊仙領兵守會稽作為援助，輔公祏擁兵東走，去往遊仙，到了吳郡，輔公祏、馮惠亮、陳正通相次被擒獲，江南悉平。李淵設立東南道行臺，為了嘉獎李靖的軍功，賜物千段，並賜奴婢一百口，良馬一百匹，授任他為行臺兵部尚書，行臺被撤銷後，又任檢校揚州大都督府長史。李淵十分欽佩李靖的軍事才幹，極口讚歎說：“李靖乃蕭銑、輔公祏的膏肓之病，古時的名將韓信、白起、衛青、霍去病，沒有一個能比得上李靖！”江南屢遭兵禍，民生凋敝，李靖鎮撫有方，使一方安定。