於是明軍暫時撤出馬尼拉灣東側半部海域，集中夾攻作為海灣外側屏障的巴丹半島和科雷吉多島。
明軍艦隊收縮了陣地後，在巴丹半島西岸重新建立灘頭陣地，紮營把攻城炮運到岸上。經過幾天的短暫準備，差不多就可以強攻了。
期間西班牙人倒也有嘗試派出小規模敢死隊，趁夜摸黑來偷襲明軍攻城炮兵營地，但都被巡夜的明軍痛擊殲滅了。
與此同時，劉國軒的部隊，也打通了北部一百餘里的陸上通道，把從林加延灣到巴丹半島的佔領區連成一片。佔領區內聚攏的逃亡漢人也越來越多，雖然帶來了些糧食，卻因為這些漢人百姓同樣要吃飯，一時口糧有些緊張起來。
鄭成功就吩咐部隊分兵去找當地跟漢人有矛盾的土著徵糧，讓漢人百姓帶路。凡是敢於反抗的，那就直接殺光——當然，鄭成功嚴格交代了，只允許從那些此前“協助西班牙人殺漢人”的有仇的土著部族開始下手。
安排完持久戰的軍需問題後，鄭成功向劉國軒打聽，西班牙人的兵力構成。
劉國軒已經上岸多日，也從本地漢人那裡打聽到了翔實情報，就一五一十告知：“這些佛郎機人往年常年有兩千餘人至三千五百人的駐軍在馬尼拉，此地已經被他們經營百年，非常重視。
前些年這些佛郎機人屠戮我漢人子民後，唯恐大明報復，屢次請求本國增兵，此後每年增兵一千五百左右，至今已增了兩輪了。如今馬尼拉和巴丹半島、科雷吉多島三處要塞，共計有佛郎機真夷六千五百人，關鍵是還糾集了仇視漢人的土著兵數萬。
當地土著懶惰，屢屢仇視福建、潮汕來的漢人比他們勤懇，善於聚斂家財，他們便心生歹意，每每劫掠漢人。佛郎機人深知其中民情，多年來利用土人的懶惰貪財，挑唆他們對付漢人，其中一些部族，就是靠搜刮勒索漢人致富，成了佛郎機的統治幫兇，根本不可能爭取。”
鄭成功聞言，臉色冷厲：“那還有什麼好爭取的，敢跟佛郎機人一起對付我漢人的，殺盡便是！聽說土人多分屬不同部族，少有往來，我們盯著幾個部族滅，也不至於得罪所有人。
假以時日，其他部族自然不敢胡亂仇恨。六千五百真夷，數萬土人，不足為懼！”
鄭成功很清楚，西班牙人不可能跟所有的土著關係都很好，他們只是需要一些打手部族，夠他們壓制住漢人就行。因為西班牙人不是來做慈善的，他們可不會好心到搶擅長經商的漢人、卻善待土著，土著同樣是西班牙人的剝削壓榨物件。
其實同一時期，歐洲殖民者在西非搞奴隸貿易也是一樣的，他們會拉攏一些黑人土著部族當打手抓俘虜，然後問他們低價買俘虜，就省得白人親自去抓了。西班牙人拉攏的菲律賓土著，就相當於“幫著抓其他黑人當奴隸”的打手部落。
幹掉他們，完全不用擔心陷入全民戰爭的汪洋大海，反而是替天行道弔民伐罪了。
……
十一月上旬剩下這幾天，鄭成功便在巴丹半島登陸場做好了攻城部署。明軍因地制宜稍稍挖了一些外圍的火炮掩體坑道，但並沒有挖得離炮臺太近。
畢竟明軍此番的攻城火炮都是從海路運來的，而海路最適合運輸重型裝備，所以攜帶的攻城臼炮噸位肯定比李定國打緬甸阿瓦城時重型得多——李定國當時是要翻越皎山陸路運炮的，所以只能用騎兵炮。
有了重型攻城臼炮，跟守方的要塞炮射程差距不大，所需挖的沃邦攻城法交通壕也就能省掉很多長度。稍稍挖了一兩百步，就夠臼炮射程了。
明軍很快不遺餘力地使用重型開花彈猛轟，西班牙守軍也不甘示弱，用要塞岸防炮反擊。可惜平直的岸防炮彈道大多打在了沃邦攻城壕的背側斜面上，根本沒什麼效果。
明軍把安防要塞的護牆轟出一個缺口後，就驅趕大量的土著俘虜上前，負責擔土填壕。膽敢不上前者，就立刻在背後用排槍擊斃——
而這些土著，當然都是被漢人指認的給西班牙人當走狗的部落的人，完全是報應。明軍抓了他們後，倒也不急著屠部落，正好給他們一個機會將功贖罪廢物利用。
西班牙人看著蜂擁上來破壞護城壕的土著，也只能瘋狂開槍開炮還擊，明軍又在後面射程外拿火槍督促，一時陣地上死者枕藉。
最後，經過數日的破壞，巴丹要塞外面的護城壕幾乎被土石和屍體填平，足足用了數千戴罪土著炮灰，明軍硬生生趟出一條進攻坦途來，然後主力部隊才在火力準備下一擁而上，衝上稜堡護牆跟西班牙軍對射、拼刺刀肉搏。
連番血戰廝殺，最終巴丹安防要塞內的兩千西班牙守軍，和五千餘人的土著守軍，全部被明軍殲滅。
西班牙人在戰死了六百多人後，剩下一千四百人裡又有數百人受傷，居然就直接很沒骨氣地投降了。
土著軍隊則是被西班牙人作為炮灰使用的，經常頂在最前面危險的位置，所以傷亡更多一些，足足傷亡了兩三千人，其他都被明軍俘虜。
明軍也不養閒人，直接給這些俘虜繳械了，發給一些扁擔和沙包，讓他們在後續戰役中打先鋒破壞城防設施。
然後明軍又故技重施，花了不到半個月拿下科雷吉多島。島上約有西班牙士兵八百人，土著兵兩千餘人，同樣被明軍殲滅，殘部崩潰投降。
前後一個月時間掃除全部外圍障礙後，至此從林加延灣南岸到巴丹半島，這一線以西的土地全部被大明佔領，連成一片。也可以說馬尼拉以西的呂宋島土地，基本上都落入大明之手。
十二月上旬，鄭成功略作休整，從中旬開始，終於推進到馬尼拉城外，開始最後的攻堅準備。
西班牙人在呂宋的全部駐軍不過六千五百人，兩處重要地區被佔領，還有其他一些外圍城池丟失，馬尼拉城內的西班牙白人士兵，也只剩三千七百人了。
曼努埃爾.阿吉雷總督無奈，只能孤注一擲，集中所有的單桅臼炮船，準備依託馬尼拉城死守。
同時也派出聯絡船，讓一直躲在外海巡遊、試圖斷明軍補給船隊的拉蒙德.普拉多海軍中將，帶著菲律賓艦隊回來支援決戰。事到如今，已經不可能指望安防要塞消耗鄭成功的艦隊了，西班牙人的艦隊再奪下去，就連老巢都沒了。
是死是活只剩最後一把，要不就投降。
 本章完