大調整的聖旨下發之後，朱允炆卻立刻召見了調查司司長封行健和情報司司長鐵無塵，令其加大京師官員的監視力度，包括五軍都督府、六部以及內官，簡單來說就是所有人，防止其向燕庶人通報軍中虛實。另外還令他們在北平附近製造混亂，北平戰事頻仍，民生多艱，必然有強悍之徒不滿，可以為其提供武器、訓練甚至給予正式番號，朱允炆令兵部預先準備了一些空白的低階軍官的告身，令兩司酌量使用，只要能夠引起騷亂，牽扯燕軍精力即可。
封行健和鐵無塵聽了皇帝的構想之後也很感興趣，慨然領命。朱允炆同樣將他們分為東區和西區，東區補給地點在直沽，西區補給地點在紫荊關。
紫荊關的補充主要來自陝西和山西，當初了為綏遠建城已經在西安建立了虎蹲炮和火藥的生產基地，朱允炆登基之後，密令其加大了生產力度，綏遠軍、陝西軍的裝備已經大大改善，這些軍隊和裝備也在不斷向東運輸，支援太原、大同和真定；
直沽的補充主要來自於京師和遼東，京師不必說了。如今的遼東也以已經大大變樣了，經過三年的努力，程本立等人嘔心瀝血，投入了大量的人力物力，經過三年的建設，加上朱允炆對遼東都司的企業作坊稅收實行三三制，即免稅三年，半稅三年，之後才恢復正常的政策，遼東水源豐富的地區如金州、復州、瀋陽一代已經有了大大小小數百家的紡織作坊，可以生產棉、絲、羊毛等等織物，如果原料充足，全力開工的話，每月可以生產十萬件單衣和兩萬件棉衣，以及五千件的羊毛衫，同時程本立等人根據朱允炆的建議推廣生產羽絨服，所以遼東軍的武器、裝備都有了本質的變化，已經朝朱允炆心中的出擊蒙古的基地方向靠攏。唯一的問題是武器製造不夠發達，雖然朱允炆令撫順、定遼、海州、三萬等衛在後世的撫順、鞍山進行燒炭、鍊鐵等工作，但限於遼東的人口，發展比較緩慢。不過朱允炆已經放開了民間開礦的限制，為鼓勵商人到遼東開礦，因為朱允炆的另一半靈魂來自於東北，所以根據自己的記憶，親自寫文章，將遼東一代的豐富資源，如撫順的煤、鞍山的鐵和岫玉，甚至夾皮溝的金礦等等都一一介紹到《民生旬報》上，還號召所有遼東籍的官員，踴躍投稿，介紹遼東，介紹自己的家鄉，吸引商人投資辦廠。
在朱允文看來，自己沒有出奇制勝的能耐，正面交鋒肯定打不過朱棣的，只能靠錢、靠人、靠裝備堆死他。至於居庸關和永平，攻之不難，朱允炆專門從火炮營中抽調了兩個千戶配備遼東和大同，用炸藥炸開往北平的通路，到時候剿滅朱棣就之日可待了。
給封行健和鐵無塵佈置好任務之後，朱允炆次日又召來了匡毅和寧冷華，匡毅是忠貞侯宋忠的侍衛長，從北平逃出來充分體現了其果斷、狠辣和武勇的特質，加之宋忠對他有救命之恩，對燕庶人切齒痛恨，所以朱允炆召見他後立刻決定重用他，組建了一個特戰營，匡毅為指揮使，武學學員寧冷華為參謀長，編制五千人，專門進行特種作戰。關於特戰營，朱允炆早有想法，卻一直沒有合適的人選，直到找到了匡毅。為向他們灌輸特種作戰的理念，朱允炆特意花了兩天的時間，為其講解特種作戰的意義，包括暗殺、偷襲、下毒等等手段，來癱瘓敵人的指揮系統和補給系統，以最小的代價來獲取勝利，為此特意令工學院為其製造特殊的武器，如小巧的弩箭、簡單的手銃、迅速放火的裝置、專門攀爬城牆的掛鉤等等，當然也包括輕巧的鎧甲、火繩槍、弓箭等遠戰武器。此次召見他們，主要是為了檢查特戰營設立一月來的成果。
匡毅是和寧冷華一起來的，匡毅本來就是個瘦削的人，如今卻比一個月之前相比更加消瘦了，只不過眼神變得更加深邃、陰冷，看來這一個月來沒少琢磨陰招、壞招；寧冷華也變了不少，原本有些陰沉的他，如今變得更加沉默了，只是眼神迷離，讓人看不到他的焦距。他本來是山東濟寧衛的千戶，在入武學前就頗通文墨，進入武學後在戰術推演上表現了一定的才能，朱允炆選擇他為參謀長也是花了心思的，這個人戰術推演就喜歡玩陰招和損招，還經常感慨有些想法限於裝備沒法實現，所以這次朱允炆將匡毅和寧冷華搭檔，就是用他們的長處。
聽完二人的彙報之後，朱允炆覺得進展不錯，就親自去特陣營的訓練基地參觀了一下，發現只有兩千多人在訓練，不由得問起原因。這兩人卻說特戰營寧缺毋濫，京師附近就這麼多了，其他的山西、陝西和遼東的人還沒有到，等那時候，人員就會增加。
實戰訓練，也讓朱允炆大開眼界，他只是從後世知道了這些概念、方法，卻沒想到才一個月的時間，這兩個人就玩出了這麼多花樣，他們為朱允炆表演了徒手攀爬、懸繩橫渡、偽裝接近、斬首暗殺、放火下毒等等技巧，期間也使用了工學院為他們量身打造的裝備。
參觀之後，朱允炆到了匡毅的辦公室，屏退了從人，道：“匡毅，寧冷華，你們這一個月做的不錯，朕很滿意。但朕告訴你們，你們只有兩個月的時間，明天春天后，就要開始行動，能做到嗎？”
匡毅和寧冷華對視一眼，然後站起來，敬了軍禮道：“沒問題，皇上，特戰營隨時可以出動。而且我們有信心，首戰必勝。”
“哈哈，很好，你們有信心就好，朕對你們寄予厚望，你們千萬不要讓朕失望。”
聽著朱允炆略帶冷厲的話，匡毅連忙跪地，拱手道：“請皇上放心，特戰營是皇上一手建立的，不僅俱是精兵，還賜予免稅土地，建立撫卹金制度以解除後顧之憂。皇上厚恩，特戰營將士銘感五內，寧死也不會讓皇上失望的！”
“誓為皇上效死！”
看著跪在地上的匡毅和寧冷華，朱允炆有些感動，趕緊將二人扶起來，拍了拍他們的肩膀道：“匡毅、寧冷華，你們不能輕言戰死，朕還有很多事情需要你們去做，燕庶人之亂只算是第一件，將來真還要將特戰營擴大規模，讓你們揚威域外，讓海外蠻夷知道我大明之雄風！”
匡毅和寧冷華也有些激動，他們本以為自己只是臨時編制，專為對付朱棣而設立，卻沒想皇帝的雄心如此之大，不由得信心倍增，拱手道：“皇上，請您放心，特戰營不會讓您失望的。”
“很好，特戰營訓練很辛苦，朕會令戶部提高你們的伙食標準，另外快過年了，朕會盡快將官兵的家屬遷到京師附近，方便他們團圓。”
“最後，朕要你們記住，軍人是要上戰場的，但是軍人的目的並不是戰死，而是得勝歸來。”
“末將明白，謝皇上隆恩。”
......
當朱允炆的儀仗遠去時，匡毅回頭看了看寧冷華，笑道：“怎麼樣？秀才？開春就要出動了，可不要給老子拉稀啊！”
寧冷華微微一笑：“這肯定不會了，皇上如此厚愛，如果我們不打出個樣子來，都沒有臉回來。”
“是啊，秀才，你知道嗎？我發現皇上越來越像先帝了？”
“先帝？我沒見過先帝，你見過嗎？”
“遠遠的見過幾次。”
“那你怎麼知道？”寧冷華鄙視的看著他。
“呵呵，以後你就慢慢知道了，好了，訓練去吧，只有兩個月的時間，皇上也很著急啊。”
“是啊，趕緊吧。”
回京之後，朱允炆立刻下令，設立科學院，下轄工學院和農學院，工學院院長王全為院長，秩正四品，擴大規模，並設立專項基金，給予工匠重獎。
朱允炆越來越乾綱獨斷了，朱棣的威脅太大了，只能靠自己了。