聖旨下達之後，朝廷立刻動員起來，戶部負責調集錢糧，兵部、五軍都督府負責徵調軍士，朝廷上下一番繁忙景象。
同日，朱允炆以籌措錢糧為由，在直隸松江（上海）、廣東廣州、福建泉州、浙江寧波、大連金州和山東登州設定市舶司，設提舉一人，正五品，副提舉三人，正六品，直屬戶部，負責點檢商品、徵收稅款。另設巡檢若干，正六品，負責查辦走私和預防倭寇襲擊。最後在市舶司附近增設水師巡邏。
為了海上貿易的安全，朱允炆提高了水師的待遇，命水師出海巡航，打擊倭寇，重賞殺倭戰功。為方便責任，在全國設立六大水師，分別為遼東水師（駐大連）、山東水師（駐登州）、長江水師（駐京師）、福建水師（駐福州）、浙江水師（駐定海）、廣東水師（駐黃埔），每個水師都有其巡邏管轄範圍，如果轄區內出現任何問題，指揮官必須承擔責任。
市舶司籌辦由戶部侍郎夏元吉負責，年底前要完工，建文二年正式啟動。水師之事由都督同知朱信、宣信負責分拆、部署，最低目的是保證新設立的市舶司的安全，當然也要保證京師的安全，半年之內完成，逾期嚴懲。
最後朱允炆下令向琉球派遣常駐使節，派遣水師戰船二十艘和兩千士兵保護使節，首任使節為原靖海侯吳忠。吳忠之父為開國二十四將之一的吳禎，吳禎精通海戰，曾督理海運，率軍遠赴琉球，剿滅倭寇，於洪武十二年病逝，受追封海國公。當時吳忠襲爵靖海侯，可惜在洪武二十三年，吳禎被認為是胡黨，吳忠也被奪爵免職。
當時的吳忠任水師右衛同知，免職後一直未獲啟用。年初朱允炆命令擇優錄用開國功臣後人時，吳忠被任命為水師左衛千戶。在考慮琉球使節時，齊泰推薦了吳忠。
朱允炆在乾清宮召見了吳忠，經過考察，發現吳忠今年四十歲，雖然年歲大了些，但對海況非常瞭解，最讓朱允炆滿意的是，吳忠瞭解琉球周圍的海況。朱允炆拿來紙筆，給他介紹了自己的戰略構想，控制琉球，遏制倭寇南下，時機合適時，控制日本列島，徹底絕滅倭寇。
吳忠看到朱允炆畫的大明東部的海圖，從倭國、朝鮮到東南亞，不由得目瞪口呆，心中暗想：難道是我賦閒太久了？大明的海圖勘測進步到這種程度了？皇上說的好些我都不知道，不過既然皇上喜歡水師，那就有我的用武之地了。
最後朱允炆詢問吳忠是否願意做駐琉球的使節，吳忠卻有些猶豫，因為他老母身體不好，琉球往返一趟，需半年之久，他有些擔心老母的身體。朱允炆沒有勉強他，讓其自己決定。不過朱允炆答應其子可入國子監或武學，並派御醫為其老母診治身體。最後朱允炆暗示他，如果他將來立下大功，可以重新封為靖海侯，這一點似乎震動了吳忠，不過他還是要回家與老母商議一下。
次日，吳忠被老母罵了一通後，就任駐琉球使節，朱允炆允許他挑選合適的人手、船隻和武器，一切為了遏制倭寇。吳忠領命而去。
為增加收入，朱允炆重開市舶司；為了市舶司的安全，朱允文重組水師；為打擊倭寇，朱允炆派人駐軍琉球。這些在朝廷中引起了一些反對之聲，可是朱允炆置若罔聞。
為促進民間貿易，朱允炆下旨允許民間造船，只是限制了規格；同時開放四輪馬車的限制，貨車馬匹數量沒有限制，庶民最多可以乘坐四馬大車；還下旨全國州縣，修建水泥路，並號召富商捐助，可在路邊刻碑留名；還開放民間採礦、鍊鐵、鍊鋼的限制等等。
市舶司設立之後，由於交易規模很大，涉及大量銀兩交易，而攜帶大量銀兩既不方便也不安全，所以交通銀行獲得了大發展，商人往往在出發時，就在當地的交通銀行存入白銀，攜帶銀票趕往目的地，到達之後取出白銀進行交易；久而久之，市舶司內部慢慢習慣了用銀票交易，而銀票的使用隨著市舶司的繁榮也推廣到各地。各地也慢慢出現了類似的銀行，只不過其規模較小，信任度不高，後來這些小銀行發現不需要自己發行銀票，自己做箇中間商賺差價即可，方法就是收到白銀，付給客戶交通銀行的銀票，然後再將銀兩存入交通銀行，換回銀票。這樣以來，交通銀行的銀票的使用範圍也越來越廣。
頒佈了這些旨意之後，朱允炆就只能等待這些措施慢慢發芽了，他已經慢慢習慣了一件事情要幾個月、甚至幾年才有回應的方式，後世的資訊社會在其腦海中漸漸遠去了。
這天，朱允炆召來了王度，遞過去一份奏摺，道：“子中，代王要入京了，該如何處理才好？”
王度拿過奏摺看了看，笑道：“皇上，這是好事情啊，代王是第一個主動要求內遷的藩王，有表率作用啊，皇上一定要慎重處理，這樣也便於安撫其他藩王。”
朱允炆往椅子上靠了靠，揉了揉額頭，想了一會兒，道：“但朕總覺的有些不對勁，代王怎麼會突然要求內遷，而且還以懼怕燕逆的名義入京，如今燕逆不可能進攻山西，那麼他在怕什麼呢？”
“還有這個，魏國公徐輝祖也贊成代王內遷，他們到底在搞什麼啊，難道是徐輝祖威脅他們了？”
王度低頭想了想，再抬頭時，有些欲言又止，道：“皇上，臣以為此事按照魏國公的意思辦就可以了。”
“你是說......”朱允炆突然意識到了，良久才道：“朕明白了，朕明白了，連徐輝祖都和朕玩起了心機。”
“皇上，水至清則無魚，人至察則無徒，如今燕逆謀反，其下場可想而知，王妃是魏國公的大姐，他心裡矛盾是人之常情，不可強求；而代王妃是魏國公的二妹，代王雖有反意，但沒造成什麼危害，遷徙封地也足夠了。”
“況且皇上推崇唐律，唐律對謀反而不為害者，首犯處死，妻妾、父子流放三千里，代王作為宗親，罪減一等，將其改封，也可以體現皇上的仁慈。”
“最後，如果代王被處置，魏國公也會不自安，恐怕會發生變故，如此將得不償失。臣以為魏國公爵位已極，只能賞以財帛，法外施恩代王，也未嘗不可。”
朱允炆楞了一下，才發現自己竟然對代王、徐輝祖起了殺心，這可不是好現象，難道是做皇帝久了嗎？想到這裡，朱允炆點頭道：“子中，你說的很對，朕知道怎麼做了。”
代王派出的衛士並沒有追上王柏濤和韓鳳平，他們二人離開大同之後不久，就離開了隊伍，往懷來投陳瑄去了。而陳瑄知道徐輝祖進入大同之後，也堅定了攻取八達嶺的決心，所以在大寧叛軍的配合下，一夜之間攻下八達嶺關隘，給馮勝致命一擊。
代王夫婦非常惶恐，最後在徐輝祖的建議下，決定學谷王一樣，離開大同，回返京師，以示清白，只是一路上誠惶誠恐，不知皇上會如何對待他們......
王度回到家裡，直接進了書房，屏退從人後，從書架上最下面抽出一個信封，信封上沒有任何標記和文字，王度將書信抽出來看了一眼，苦笑一聲，將書信裝入信封，扔到火盆裡。看著信封在火盆中化為灰燼，煙霧嫋嫋的升到屋頂，王度站起來朝皇宮的方向一拱手，低聲道：“皇上，臣並非不忠，但此事如此處理，才是最佳方案！”聲音越來越低，漸至低不可聞......